O convênio entre a Prefeitura de Ituiutaba e o Hospital São José, para repasse de recurso do município à instituição, foi cumprido integralmente em 2009. A Prefeitura de Ituiutaba repassava 600 mil reais por ano ao Hospital São José, para que o hospital realizasse cirurgias eletivas.
Desde 2010 o Hospital deixou de cumprir sua parte, já que é a única instituição que faz procedimentos pelo Sistema único de Saúde (SUS) em Ituiutaba, o que levou a prefeitura a suspender o repasse até hoje. A Prefeitura de Ituiutaba e a Secretaria Municipal de Saúde comunicaram este fato à Promotoria e têm toda a documentação que comprovam esta situação.
O hospital recebe ainda recursos do Governo do Estado, por meio dos programas Pró-Hosp, para reformas, e Pró-Urge, para atendimento à população. No caso do Pró-Urge, cabe à Prefeitura de Ituiutaba, por meio da Secretaria Municipal de Saúde, enviar todos os meses os documentos que comprovam e atestam o atendimento às pessoas. São documentos como a escala de plantão médico, por exemplo. Somente com estes documentos enviados pela prefeitura ao Estado é que ocorre o repasse dos recursos da Secretaria de Estado de Saúde para custear as despesas do Hospital São José.
Desde fevereiro deste ano, contudo, as escalas de plantão médico têm sido enviadas com falhas. A Secretaria Municipal de Saúde informou o problema, mas atestou os documentos e os repassou ao Estado para que o hospital não deixasse de receber os recursos estaduais. A Secretaria Municipal de Saúde enviou ofício à Direção do Hospital São José para que sanasse as falhas nos documentos, o que não foi feito. Esta situação perdurou até abril, quando a Prefeitura, para atender as exigências da Secretaria de Estado da Saúde, deixou de atestar os documentos e com isso o Hospital São José perdeu o direito aos recursos do Estado.
